Navegación Este es el más común de los abusos, hacer la navegación en Flash, es extremadamente malo por varias razones:

-Optimización en Motores de Búsqueda (SEO): tener texto en nuestro sitio es una de las cosas mas importantes. Los Motores de Búsqueda usan el texto para indexar nuestro sitio. El problema con el Flash es que los Motores de Búsqueda no pueden meterse dentro del flash para recoletar la informacion del texto.

-Tiempo de carga de la página: Usar Flash para la navegación hace lenta la carga del sitio.

-No es Orientado al Usuario: Dos cosas, la idea principal a tener en cuenta en el diseño de un sitio es proveer al visitante una forma simple de navegación. En los sitios armados en Flash, los visitantes tienen que esperar que la animación cargue completamente cada vez que hagan click con el mouse. La gente detesta esperar!. Y por último, no todos tienen o utilizan Flash.

Intros en Flash
Creo que una de las peores formas de utilizar el Flash es haciendo una intro para tu sitio. La mayoría de las personas son impacientes cuando navegan por la web, y por esto muchos no tienen la paciencia de ver una intro en flash.
Si es imposible no tener una intro en flash, no olviden incluir un botón de “Saltear Intro” que sea visible a los usuarios. Pero creemos que es mucho mejor tratar de evitar las intros en Flash.

Entonces, Cuales son las Mejores Prácticas en el diseño web?
La mejor manera de construir un sitio web profesional es usando CSS (cascading style sheets). Si necesitas mas información puedes visitar http://www.w3.org/Style/CSS/